Cross-Border M&A의 세금: 한-미 간 양도세와 원천징수

기업편 #34 · 읽기 약 11분

이전 글(M&A의 핵심 거래 조건)에서 LOI, Rep & Warranties, Indemnification, Escrow, Earnout를 다뤘습니다. 오늘은 한국 창업자가 가장 복잡하게 느끼는 부분인 Cross-Border M&A의 세금을 다룹니다.

한국인이 미국 법인을 매각하거나, 미국 회사가 한국 법인을 인수할 때, 세금은 단순히 "양도소득세를 낸다"로 끝나지 않습니다. 미국 세법, 한국 세법, 한-미 조세조약이 동시에 적용되고, 어느 쪽에서 먼저 과세하는지, 원천징수가 발생하는지, 외국납부세액공제가 가능한지에 따라 실질 세금 부담이 크게 달라집니다.

단, 이 글은 세무 자문을 대체하지 않습니다. Cross-border M&A의 세금은 사안마다 사실관계가 다르고, 잘못된 판단의 대가가 매우 크므로 반드시 한-미 양쪽 세무 전문가와 상의해야 합니다. 여기서는 한국 창업자가 "어떤 이슈가 있는지"를 인식하는 것을 목표로 합니다.

시나리오 1: 한국인 창업자가 미국 Delaware C-Corp을 매각하는 경우

이것이 가장 일반적인 시나리오입니다. 한국 창업자가 이전 글(Delaware Flip)에서 다룬 방식으로 Delaware C-Corp을 설립하고, 미국 VC로부터 투자를 받고, 이후 미국 기업에 매각하는 경우입니다.

미국 측 세금: FIRPTA가 적용되는가?

FIRPTA(Foreign Investment in Real Property Tax Act)는 외국인이 미국 부동산 관련 자산(US Real Property Interest, USRPI)을 매각할 때 적용되는 세금입니다. USRPI에는 미국 부동산뿐 아니라, 미국 부동산 보유 법인(US Real Property Holding Corporation, USRPHC)의 주식도 포함됩니다. USRPHC란 회사 자산의 50% 이상이 미국 부동산인 법인을 말합니다.

대부분의 테크 스타트업은 USRPHC가 아닙니다. 자산의 대부분이 IP, 소프트웨어, 현금 등이지 부동산이 아니기 때문입니다. 이 경우 FIRPTA가 적용되지 않고, 한-미 조세조약에 따라 주식 양도소득은 매도자의 거주지국(한국)에서만 과세되는 것이 일반적입니다.

다만 회사가 상당한 부동산을 보유하고 있거나, USRPHC에 해당할 가능성이 있으면 FIRPTA가 적용되어 매수자가 매각 대금의 15%를 원천징수해야 합니다. 원천징수된 금액은 미국 세금 신고 시 정산됩니다.

한국 측 세금: 양도소득세

한국 거주자가 해외 주식을 매각해서 양도 차익이 발생하면, 한국에서 양도소득세가 부과됩니다. 이때 양도 차익의 기준이 되는 취득가(cost basis)는 Delaware 주식을 어떻게 취득했느냐에 따라 달라집니다.

이전 글(Delaware Flip)에서 다뤘듯이, 한국 법인의 주식을 Delaware C-Corp의 주식으로 교환(Flip)하면서 양도소득세를 납부한 경우, Flip 시점의 교환 가격이 Delaware 주식의 취득가가 됩니다. 따라서 M&A 시 양도 차익은 "(M&A 매각 가격) - (Flip 교환 가격)"으로 계산됩니다. 이전 글에서 "Flip은 가치가 낮을 때 하는 것이 유리하다"고 한 이유가 여기에도 연결되는데, Flip을 가치가 높을 때 했으면 취득가가 높아서 M&A 시 양도 차익이 줄어들고, 낮을 때 했으면 취득가가 낮아서 양도 차익이 커집니다.

세율은 양도 차익의 규모와 보유 기간에 따라 달라지며, 구체적인 세율과 공제 항목은 반드시 한국 세무 전문가와 확인해야 합니다.

이중과세 방지: 외국납부세액공제

만약 미국에서도 세금이 부과되고(FIRPTA 적용 등) 한국에서도 양도소득세가 부과되면 이중과세가 발생합니다. 한-미 조세조약과 한국 세법에 따라, 미국에서 납부한 세금을 한국 세금에서 공제받을 수 있는 외국납부세액공제가 가능합니다. 다만 공제 가능 금액에는 한도가 있으므로 완전한 이중과세 해소가 되지 않을 수도 있습니다.

시나리오 2: 미국 기업이 한국 법인을 인수하는 경우

Delaware Flip 없이 한국 법인 그대로 인수되는 경우입니다. 이전 글(Delaware Flip)에서 다뤘듯이 일반적이지 않지만, 한국에 강한 사업 기반이 있거나 Flip이 이루어지지 않은 상태에서 인수 제안을 받는 경우가 있을 수 있습니다.

한국 측 세금: 양도소득세

한국 주주가 한국 주식을 매각하면 한국에서 양도소득세가 부과됩니다. 한국 거주자인 매도자가 직접 신고·납부하는 것이 원칙이고, 매수자가 외국 법인이라고 해서 매수자에게 원천징수 의무가 자동으로 생기는 것은 아닙니다. 다만 cap table에 비거주자 주주(미국 투자자 등)가 포함되어 있는 경우에는 비거주자의 양도소득에 대해 별도의 원천징수 이슈가 발생할 수 있으므로 확인이 필요합니다.

한국에서도 부동산 보유 비중이 높은 법인의 주식 양도에 대해 별도의 과세 규정이 있습니다. 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목에 따르면, 법인의 자산총액 중 부동산 등의 비율이 50% 이상인 법인의 과점주주가 주식의 50% 이상을 과점주주 외의 자에게 양도하면 "기타자산"으로 분류되어 별도의 양도소득세 규정이 적용됩니다. 미국의 USRPHC(자산의 50% 이상이 부동산)와 거의 동일한 구조입니다.

미국 측 세금

미국 기업이 한국 법인을 인수할 때, 인수 가격은 미국 기업의 비용이 되고 직접적인 미국 세금은 발생하지 않습니다. 다만 인수 후 한국 법인이 미국 기업의 자회사가 되면서 CFC(Controlled Foreign Corporation) 규정이 적용될 수 있고, 이 경우 한국 자회사의 미분배 소득에 대해 미국 법인세가 부과될 수 있습니다.

시나리오 3: 한-미 모자회사 구조에서의 M&A

이전 글(Delaware Flip)에서 다뤘듯이, Delaware C-Corp 아래에 한국 법인이 자회사로 있는 구조에서 M&A가 이루어지는 경우입니다.

Stock Purchase인 경우

매수자가 Delaware C-Corp의 주식을 매수하면, 한국 자회사도 자동으로 인수됩니다. 이 경우 한국 자회사의 소유권은 간접적으로 이전되는 것이므로, 한국에서 별도의 양도소득세가 발생하지 않는 것이 일반적입니다. 다만 한국 자회사가 보유한 부동산이나 자산의 가치가 상당한 경우에는 한국 세무당국이 다르게 판단할 수 있으므로 확인이 필요합니다.

Asset Purchase인 경우

한국 자회사의 자산(IP, 고객 계약 등)을 개별적으로 매수하는 경우, 이전 글(한-미 모자회사 간 거래 설계)에서 다룬 이전가격 이슈가 다시 발생합니다. 한국 자회사에서 미국 또는 매수자에게 자산을 이전할 때의 가격이 정상가격인지 한-미 양쪽 세무당국이 검토할 수 있습니다.

한-미 조세조약의 핵심 조항

한-미 조세조약(1976년 서명, 이후 개정)이 cross-border M&A에서 적용되는 핵심 조항을 정리합니다.

양도소득(Capital Gains)

한-미 조세조약에 따르면, 주식 양도소득은 원칙적으로 매도자의 거주지국에서만 과세됩니다. 다만 USRPHC 주식의 양도소득에 대해서는 미국이 FIRPTA를 통해 과세할 수 있고, 조세조약이 이를 무효화하지 않습니다.

배당(Dividends)

M&A 과정에서 Closing 전에 배당을 지급하는 경우, 한-미 조세조약에 따라 배당 원천징수세율이 감면될 수 있습니다. 조약 세율은 지분율에 따라 다릅니다.

로열티(Royalties)

M&A 과정에서 IP를 라이선스 형태로 이전하는 경우, 로열티에 대한 원천징수가 발생할 수 있습니다. Diosdi & Liu의 분석에 따르면, 2025년 9월 한국 대법원이 특허의 "사용 장소" 해석을 변경하면서, 미국 특허에서 발생하는 로열티의 한국 과세 가능성이 높아졌습니다. 이것은 IP를 많이 보유한 한국 스타트업의 cross-border M&A에서 중요한 변화입니다.

2026년 한국 세법 개정의 영향

Global Law Experts의 분석에 따르면, 2026년 한국 세법 개정에서 cross-border 거래에 영향을 미치는 주요 변경이 있습니다.

원천징수 의무자의 문서화 강화: 2026년 1월 1일부터 원천징수 의무자가 비거주자로부터 받은 실질적 소유자 확인 서류를 관할 세무서에 다음 해 2월 말까지 제출해야 합니다. 문서 없이 감면 세율을 적용하면 벌금이 부과됩니다.

양도소득의 과세 시점 변경: 한국 부동산 및 특정 유가증권의 양도에 대해 새로운 과세 시점 규정이 적용되고, 2026년 5월 9일이 경과 규정의 기준일이었습니다. 이 날짜가 이미 지났으므로, 새로운 규정이 현재 적용 중입니다. 이 기간에 매각을 진행했거나 진행 중인 경우 세무 전문가와 반드시 확인해야 합니다.

CFC(특정외국법인) 과세 기준 변경: 한국 거주자가 직간접적으로 10% 이상 지분을 보유한 외국 법인의 최근 3년간 평균 실효세율이 17.5% 이하(2026년 이후 기준)이면, 미분배 소득이 한국 거주자에게 배당된 것으로 간주되어 한국에서 과세됩니다.

한국 창업자를 위한 실무 체크리스트

M&A 구조 선택이 세금을 결정합니다. 이전 글(M&A의 기본 구조)에서 다뤘듯이, Asset Purchase, Stock Purchase, Merger에 따라 세금 처리가 완전히 다릅니다. 세금 최적화를 위해 거래 구조를 설계하세요.

FIRPTA 적용 여부를 Closing 전에 확인하세요. 회사가 USRPHC에 해당하는지(자산의 50% 이상이 미국 부동산인지)를 확인하세요. 대부분의 테크 스타트업은 해당되지 않지만, 확인 없이 가정하는 것은 위험합니다.

한국 양도소득세 신고를 잊지 마세요. 한국 거주자가 해외 주식을 매각하면 한국에서 양도소득세 신고 의무가 있습니다. 미국에서 세금을 납부했더라도 한국 신고를 하지 않으면 가산세가 부과될 수 있습니다.

외국납부세액공제를 활용하세요. 미국에서 납부한 세금(또는 원천징수된 금액)은 한국 세금에서 공제받을 수 있습니다. 공제를 받으려면 미국 납세 증빙을 갖춰야 합니다.

Earnout의 세금 처리를 별도로 확인하세요. 이전 글(M&A의 핵심 거래 조건)에서 다뤘듯이, Earnout은 Closing 후 추가로 지급되는 조건부 대금인데, 이것이 양도소득으로 과세되는지 경상소득으로 과세되는지는 지급 시점과 조건에 따라 달라질 수 있습니다.

한-미 양쪽 세무 전문가와 반드시 상의하세요. Cross-border M&A의 세금은 한쪽만 아는 전문가에게 맡기면 다른 쪽에서 문제가 생길 수 있습니다.

(다음 글 예고: Acqui-hire와 Secondary Sale: 완전한 Exit이 아닌 경로)

참고 자료

• PwC, "Korea, Republic of — Corporate: Withholding Taxes" (taxsummaries.pwc.com, January 2026)
• PwC, "Korea, Republic of — Individual: Foreign Tax Relief and Tax Treaties" (taxsummaries.pwc.com, January 2026)
• PwC, "Korea, Republic of — Corporate: Group Taxation" (taxsummaries.pwc.com)
• Global Law Experts, "Tax Changes for Foreign Companies in South Korea 2026" (globallawexperts.com, June 2026)
• Diosdi & Liu, "Does the U.S.-Korea Tax Treaty Offer Relief from Double Taxation of Income Received from U.S. Patents?" (sftaxcounsel.com, November 2025)
• IRS, "FIRPTA Withholding" (irs.gov)
• Norton Rose Fulbright, "Foreign Investment in Real Property Tax Act: A Primer" (nortonrosefulbright.com)
• Acquisition Stars, "FIRPTA Withholding in Cross-Border M&A" (acquisitionstars.com, April 2026)

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